اگرچه ارز رمزنگاری شده نوعی از ارزهای دیجیتال است؛ اما تفاوتهایی دارد:
1) ساختار: ارزهای دیجیتال متمرکز هستند. در مورد ارزهای دیجیتال گروه خاصی از مردم و رایانهها هستند که وضعیت تراکنشها را در شبکه تنظیم می کنند. ارز رمزنگاری شده غیر متمرکز است و مقررات توسط اکثریت اعضا شبکه بزرگ آن ایجاد و بررسی میشود.
2) ناشناس بودن: ارزهای دیجیتال نیاز به شناسایی کاربر دارند. نیاز است تا کاربر عکس و بخشی از مدارک شناسایی خود را ارسال نماید. در مورد ارزهای رمزنگاری شده، خرید، فروش و انجام هر فرایند دیگر نیاز به ارسال مدرکی خاص نیست. با این حال انجام فرایندها در ارزهای رمزنگاری شده کاملا به صورت ناشناس هم نخواهد بود. گرچه آدرسها حاوی اطلاعات محرمانه و شخصی مثل نام، آدرس و غیره نیست، اما هر تراکنش ثبت شده و فرستنده و گیرنده به طور عمومی کاملا شناخته شده هستند. بنابراین تمام جزییات تراکنش قابل ردیابی و پیگیری است.
3) شفافیت: ارزهای دیجیتال شفاف نیستند. کسی نخواهد توانست کیف پولی را انتخاب کرده و تراکنشهای آن را مشاهده کند. این اطلاعات مخفی خواهد بود. ارزهای رمزنگاری شده کاملا شفاف هستند. هر شخصی می تواند تمام تراکنشهای یک کاربر را مشاهده کند، زیرا تمام وقایع بر روی یک زنجیره عمومی ثبت شده است.
دستکاری تراکنشها: ارزهای دیجیتال دارای یک مرجع مرکزی هستند که تراکنشها و انتقالات را بررسی میکنند. این مرجع مرکزی می تواند بر اساس درخواست مقامات دولتی و یا با سوء ظن به کلاهبرداری یا پولشویی، تراکنشها را لغو یا متوقف کند. ارزهای رمزنگاری شده بر اساس قوانین عمومی هستند. بسیار سخت است که این جامعه بزرگ تغییرات بلاک چین را تایید کنند. (گر چه بعضی از موارد مانند هک دائو رخ داده است).
5- جنبههای قانونی: اغلب کشورها یک چارچوب قانونی برای ارزهای دیجیتال قرار داده اند. به عنوان مثال دستورالعمل EC/2009/110 در اتحادیه اروپا یا ماده 4A کد بازرگانی در ایالات متحده. اما در مورد ارزهای رمزنگاری شده دقیقا به همین شکل نیست. در برخی از کشورها به طور رسمی وضعیت آنها مشخص نشده است. ایجاد چارچوبهای قانونی در مورد آنها تنها در روند این ارزها تعیین شده است.